В 1996 году New Red Archives выпустили их первый альбом Anti-Flag - Die for the Government. В этом же году из-за личных споров с Justin группу покинул Andy Flag. Новым басистом группы в 1997 году стал Chris Head, перейдя на гитару, после того как в 1998 году Jamie Cock перешел на бас. Текущий состав сформировался в 1999 году, когда Chris #2 сменил Jamie на басу. Anti-Flag выпускали свои альбомы на таких лейблах, как Go Kart Records и Fat Wreck Chords, а также и на своём собственном A-F Records. Альбом «Underground Network», записанный вместе с легендарным панк продюсером Mass Giorgini, расценивается как прорыв, принесший группе наибольшее количество поклонников.

Лирика Anti-Flag поддерживает различные политические идеи левого толка и занимает решительную позицию в борьбе против фашизма и национализма, а также поддерживают все что касается панк сцены и романтики. В своих песнях музыканты настойчиво утверждали, что американская система милитаризма и капитализма губительна для мира в целом. Кроме этого, Anti-Flag сотрудничает с peta2 , тем самым выражая свое мнение по отношению к вопросу потребления мяса и всей сельскохозяйственной отрасли промышленности.

Jim McDermott, представитель США, в своей речи 8 октября 2004 года поблагодарил Anti-Flag за то, что они способствовали приобщению молодежи к политике.

В 2005 группа подписала контракт на 2 альбома с крупным лейблом RCA, но их лейбл A-F Records так и остался независимым. Новый альбом «For Blood and Empire» вышел в свет 21 марта 2006 года.